原羽生在前往现世实习的时候被改造过的瓦级大虚击碎了灵核。为了活下去，他和时之政府签订契约，将前往不同的时代留下自己作为“名刀”的存在与逸闻，直到最终彻底为自己奠定身为刀剑付丧神的位格，成为在未来被时之政府召唤出来的刀剑男士。自此，原羽生开启了自己逆流时空的旅行。只是他回溯过往的时间和地点，是不是都有些不太对……？第一站五条家的六眼神子在自己家仓库里发现了两把刀。一振为御物鹤丸，一振为灵刀尾切。 第二站出于友人的邀请，奴良组的二代目假扮人类加入了新选组，随身携带的太刀与源氏遗落的重宝同名。 第三站通过食骨井来到战国时期……